El Museo cuenta con seis salas de exposición permanente, una sala con mobiliario original que funciona ocasionalmente como sala de reuniones, un laboratorio de conservación y depósito de materiales, una oficina y una terraza abierta: Patio de la Memoria.
Algunas de las salas de exposición están referidas a la historia institucional, sus fundadores, el ideario que los inspiraba.
Otras están dedicadas a abordar temáticas de las Ciencias Naturales: El Universo y la Tierra, los materiales que lo forman. El pasado de la vida en la tierra.
Salas de Ciencias Naturales referidas a los ambientes naturales de Argentina y Córdoba, su relieve, flora y fauna.
Una sala de Ciencias Sociales referida a los Pueblos Originarios cuenta con diversos objetos y piezas que la escuela fue recibiendo en calidad de donación, como la colección de elementos arqueológicos de la Patagonia que donara en 1967 el pintor Enrique Mónaco. También cuenta con un préstamo del Museo de Antropología de la Universidad Nacional de Córdoba: una maqueta de una casa-pozo de los comechingones.
Una sala reúne parte del mobiliario original de la escuela y está decorada con obras de arte de algunos distinguidos artistas plásticos que fueron docentes de la escuela en el pasado. Tal es el caso de Egidio Cerrito, José Álvarez Soave y Mariniano Scieppaquercia.
